30 vuotta on kulunut siitä, kun hirvittävää tuhoa aikaan saanut Gojira nousi meren syvyyksistä ja sai Japanin paniikkiin kauhusta. Nyt sama painajainen on edessä, aikaisempaa pahempana. Legenda on syntynyt uudestaan. Uusi, entistäkin raivoisampi Godzilla on syntynyt, ja se suuntaa jälleen matkansa kohti Tokiota. Tilanne vakavoituu entisestään, kun supervallat USA ja Neuvostoliitto ovat valmiit puuttumaan peliin ydinasein, suojellakseen omia alueitaan Godzillan pysäyttämättömältä tuntuvalta hävitykseltä.