Far Cry 3 -pelaaja on Jason Brody, yksin maailman laidalla mystisellä trooppisella saarella eristyksissä sivilisaatiosta. Tällä paratiisisaarella laittomuudet ja väkivaltaisuudet ovat vallitseva normi. Peli etenee pelaajien tekemien ratkaisujen mukaan. He hiipivät, syöksyvät, räjäyttävät ja ampuvat tiensä saaren poikki maailmassa, jossa ei ole oikeaa ja väärää.